本曼荼羅依《金剛頂經》而作。本經依時代與地區的翻譯，也有《金剛頂瑜伽經》、《初會金剛頂經》、《真實攝經》、《金剛頂一切如來真實攝大乘現證三昧大教王經》等不同名稱，但內容是相同的。
根據唐朝不空法師所譯《金剛頂經瑜伽十八會指歸》所記載，《金剛頂經》共有十八會，不過無論是梵本、藏譯、漢譯，都只有「初會」（第一次集會）的記載，其餘似乎是「初會」後的儀軌而集結成為十八會。
《金剛頂經》所說的曼荼羅稱為「九會曼荼羅」，但不是上述十八會中的九會，而是出自初會中〈金剛界品〉、〈降三世品〉所記載的九種曼荼羅，分別是成身會、三昧耶會、微細會、供養會、四印會、一印會、理趣會、降三世會、降三世三昧耶會，共九種曼荼羅組成金剛界曼荼羅。
與《大日經》相同，本經也是以大日如來為教主，並且與金剛手、聖觀自在、文殊師利、虛空藏等諸多菩薩，以及一切如來，在色界的阿迦泥吒天，往須彌山頂金剛摩尼寶峯樓閣，示現如金剛無堅不摧的智慧。金剛界曼荼羅，就是以此圖顯示成就者諸尊集會的法意。
密教兩部根本經典，《大日經》胎臟曼陀羅所顯示為「理」，而《金剛頂經》金剛界曼陀羅所顯示的為「智」，這是指「轉識成智」的歷程，其成就奠基於「瑜珈」（意即「相應」），並在曼荼羅正中央成身會的「五相成身」顯示。本經敘說於王宮出生的一切義成就菩薩（釋迦）出家苦行，但沒辦法得到覺悟，於此壇城受到一切如來的驚覺開示，而相應成就佛身。
此五相成身觀為：1.通達（本具）菩提心：觀察自心本質為清淨，而相應於阿閦如來的大圓鏡智。2.修菩提心：觀此心清淨如月輪，而生起菩提心相應於寶生如來的平等性智。3.成金剛心：此菩提心堅固而成金剛心，相應於無量光/無量壽如來的妙觀察智。4.證金剛身：證悟身語意與金剛界相同，相應於不空成就如來的成所作智。5.佛身成就：「如一切如來有自己亦有」，相應於毗盧遮那的本質法界體性智。
《大日經》橫平等門確立了密教佛部、金剛部、蓮華部三部一體，而《金剛頂經》更進一步，在中心的「成身會」以五佛五智表現五部，分別為大日如來代表的佛部、阿閦如來代表的金剛部、寶生如來代表的寶部、阿彌陀如來代表的蓮華部、及不空成就如來代表的羯磨部等。
金剛界五部所增加的寶部表示成就者的福德如寶藏珍貴，並象徵資源無邊無際；羯磨部則代表成就者為眾生所做的一切教育及救度等事業。「部」源自梵文kula，有家族或種族的意思，每一部皆有許多成就者相聚，也顯示所成就的屬性相同。
金剛界，「金剛」指空性智慧堅固，並可摧破一切障礙，而「界」有「成分」的意涵，雖然金剛界分為五部，但是金剛的空性智慧本質相同且遍滿法界，在轉識成智的轉化歷程中，是「相應」於此「界」如來之心而成就佛身。歷來對於法身、報身、化身有很多樣的詮釋，但要是忽略「相應」這個重要概念，就會出現某佛等於某佛（或某菩薩）的錯誤解讀。