胎藏曼陀羅的圖示及諸尊排列在歷史上有許多不同版本，最初是由唐朝善無畏法師繪出，而目前以唐朝不空法師的版本流傳較廣，是傳至日本後再回傳漢地與西藏的。
與現代地圖的東西南北方向不同，古代壇城的畫法並無方向上的標準，常依傳法者的主觀來訂方位，胎臟曼荼羅以上為東方、下為西方、右為南方、左為北方，這是在看不同壇城解釋時要留意部分。
中台八葉院的中央為大日如來，四佛與四菩薩位於周圍的八葉，分別為東方寶幢佛與東南普賢菩薩、南方開敷華王佛與西南文殊菩薩、西方無量壽佛與西北觀音菩薩、北方天鼓雷音佛與東北彌勒菩薩，四佛、四菩薩平均畫於圓上，成為八葉蓮華開花之形，顯示以大日如來為教主的思想體系。
中台八葉院右邊為金剛手院、左方為蓮華手院，在《大日經》橫平等門的教理，確立了密教佛部、金剛部、蓮華部三部一體，佛部表達理（平等）智（智慧）具足圓滿，金剛部表達智慧堅固、能破煩惱，蓮華部表達眾生本具清淨菩提心，以此救度。
如將胎藏曼荼羅以三部來觀看，中台上方遍知院、釋迦院、文殊院，與中台下方持明院、虛空藏院、蘇悉地院屬於佛部，右方金剛手院及除蓋障院屬金剛部，左方蓮華手院及地藏院屬蓮華部。