本曼荼羅依《大毘盧遮那成佛神變加持經》（簡稱《大日經》）而作。
曼荼羅為梵文mandala音譯，一般而言也譯為「壇場」，理解為神聖空間，在這裡專指「法意所示現的空間」，大日如來說法的地方是如來加持的廣大法界宮，問法的是以秘密主為上首的一切金剛手菩薩，不在這世上的空間，也沒有聲聞緣覺及凡夫等修行人能夠進入與列席於會上，在經典的形式與過去的大小乘經典完全不同，因此《大日經》也被視為是密教的開啟。
對於金剛手秘密主的問題：「以何為因、云何為根、云何究竟？」，大日如來回答道：「菩提心為因，悲為根本，方便為究竟。」這著名的三句，回答了如來成佛的一切智智（一切智慧中的智慧），揭示了「如實知自心」的菩提心緣起，依大悲的願力，救度眾生現種種身、作種種說法教化而不止的方便上；以及如來的成佛、神變（圓滿成就而獲得的力量）、加持（對眾生的教導及救度），都以這個尊貴的法意空間加以顯示。
這個曼荼羅稱為「大悲胎藏生曼荼羅」，也稱為「胎藏曼荼羅」，源自於《大日經》卷三以胎胞、蓮華兩個比喻：胎胞的比喻是指行者本來就有的菩提心，胎藏於心中，透過大悲與方便之行，能孕育出成佛的智慧；而蓮華的比喻，是以菩提心為種子，大悲為根，方便究竟的行動以蓮花的盛開表示，這也在壇城正中間的「中台八葉院」體現出來。
在金胎二院的理智根本法意中，胎藏曼荼羅是「理」曼荼羅，與金剛界「智」曼荼羅互為根本。
胎藏曼荼羅幾乎含納所有密教主尊，唐密或真言宗行者準備好要修持本尊法時，會在灌頂儀式之前，矇眼投花於胎藏曼荼羅上，以花朵所投中之主尊為相應的修法本尊。