與諸佛護法相應的內法還有手印的部分，在修法的實際操作面向，是身語意三密當中被視為「身密」的部分，依據儀軌進行搭配咒語使用不同的手印，以達到儀軌修持所要的目的，手印的修證步驟如下：
一、學習：
透過上師灌頂傳授後，學習諸佛護法的手印，要能正確認識使用的順序並能操作正確。
修持手印，要依據四加行對修法有正確的認知和健康的心態，避免不切實際的期待和妄想，更不是幻想，而是透過觀察和感受、持續且不斷調整。
在持修過程中以該本尊手印與之相應。
而當行者的能量增強，安定並且敏銳，能接受外來訊息時，此時手印即是「鑰匙」，能執行儀軌的內容，此時需注意：執行力要奠基在相應的基礎上，如何選擇正確的鑰匙，才能在相應中運用諸佛護法的力量。
上面兩點互為表裡，亦即觀念心態和操作執行必須相互配合，行者要能融入在修證的步驟上。
透過相應的基礎，能面對各種不同情況，活用諸佛護法手印。
修法時會使用到連續且固定的手印，手印會有固定用法與變化用法，能夠將此固定使用的手印，視不同的狀況，另行組合並加入到實際運用中，才是真正的契入手印的精要。
儀軌進行時用的是咒語與手印的固定用法，在遇到困難或狀況時如何把這些固定用法，加以搭配使用，就成為每位行者必須面對的課題。
咒語與手印兩者是否有效，都要視修行者的「連結」程度，在修法的過程中能不能有所「相應」為根本，這才是修習儀軌的重點。